Что делать ИП на УСН, если счет был выставлен без НДС, а фирма-покупатель при оплате по счету НДС выделила?

Здравствуйте, уважаемые форумчане!
Буду благодарна за помощь. Такая ситуация произошла. ИП на УСН, был выставлен счет организации без НДС, однако фирма-покупатель при оплате нам по этому счету НДС выделила. Я, конечно, попросила от них письмо с уточнением по этому платежу, где будут пояснения что оплата была без НДС. Но проблема в том, что директор не понимает какие последствия грозят, если такое письмо не будет получено. Про признание такого дохода по основной системе - это я ему рассказала.

Не могу понять (в этом, собственно, и мой вопрос, т.к. не нашла ничего в интернете по этому поводу) - не может ли эта ситуация угрожать тому, что ИП может и вовсе "слететь" с "упрощенки"?

Просто у самой нет возможности связаться с этой фирмой, общается с ними лично директор, а он тянет с решением этой ситуации, и мне хочется ему разъяснить всю серьезность ситуации, чтоб подшевелился.
Спасибо заранее откликнувшимся!